Начнем с начала. Какой релиз? Что пишет в ошибках? Размести экран с лицензиями на IP транки.

На телефонах есть фиксированные кнопки F1 и F2. Нужно на них запрограммировать вызов директора. Другие кнопки являются динамическими и меняют свое состояние в зависимости от ситуации, что не всегда удобно.
Либо установить у секретаря дополнительную консоль с кнопками.

Зависит от дистрибьютера. У меня проблем не было - меняли всегда. (Постучал по дереву...)

А это как раз вариант, что при загрузки софта не стояла галочка VoIP.

Тогда вариант что криво встала плата кодеков на процессоре и станция ее не видит.
Посмотри в закладке "Аппаратура и предельные значения" -> "Главный шкаф"  -> В поле CPU должно быть указано тип процессора и платы VoIP, например: CPU-3m (VoIP16).

В поле Identifier должно быть, что-то вроде V001.
Возможно отсутствует лицензия на IP транки. Посмотри Система -> Программный ключ -> Сведения -> Возможности программного ключа -> Многоабонентская связь -> IP каналы.
Проверьте, что у вас стоит  в закладке VoIP -> VoIP:параметры -> Общие -> Число магистральных каналов.

Это провод COM-порта и к коммутатору никакого отношения не имеет. Там совершенно разные сигналы. Это то-же самое что кабель от потока включить в коммутатор - разъемы одинаковые.

Если это провод Cisco, то нужно переобжать разъем RJ45 зеркально!

Это печально, так как как минимум нужно знать какой релиз стоял на станции, найти MAO-файлы или у себя или запросить у поставщика, тоже самое с софтом - он или есть или у поставщика. И хорошо-бы найти как уже говорили выше, бэкап и конечно без навыков замучаете форум вопросами.

Подходят гарнитуры моно от сотового аппарата Motorola. Цена от 300-400 руб, но раритет - сейчас все больше стерео гарнитуры, но они к Alcatel не подходят.

Значит ошибки в настройках ARS. Повидиму до выхода в город по "0" дело не доходит - либо в 0 группу не включены городские линии, либо передаются(или нет) лишние цифры.

Как у вас подключена станция ук городу? Если по потоку, то вполне возможно вы получаете отказ в обслуживании если не транслируете АОН. Копированием АОН среди абонентов не переносится - нужно ручками.
Смотрите в карточке абонента кнопку MISC и в поле альтернативный номер вписываете АОН (с рабочего номера или свой, зарегистрированный у оператора).

Выбираете телефон у которого все работает и копируете (есть такая кнопка!) все на другие телефоны.

В карточке абонента, в закладке "Запрет" имеет место "Корявый" перевод на русский язык - нужно понимать режим обычный/ограниченный как дневной/ночной. Соответственно в этом месте абоненту присваивается категория, на основании которой ему разрешается/запрещается пользоваться группами линий.
Все городские линии формируются в группы в закладке "Внешние линии" -> "Список магистральных групп". Каждая группа линий так-же как и абоненты имеет свою категорию. Соответствие категорий абонентов и магистральных групп производится в закладке "Совместный трафик и запрет" -> "Матрица совместного трафика".
Как вам уже ответили - точка пересечения между категориями абонентов и магистральных групп определяет разрешен или запрещен данным абонентам доступ к этим линиям (+ или "Пусто").

А главное все равно  будет 2 Мбит, только что работать будут два канала вместо 30.