В целом все платы на которых нет винчестеров/процессоров - можно извлекать "на горячую" - без каких-либо дополнительных действий (не важно - подключены линии или нет). Это абонентские платы и платы внешних линий.
Процессора (процессора речевой почты) - предварительно надо остановить (например для процессора shutdown -h now), когда процесс остановки закончен - выключить тумблер питания, после можно вынимать.
Процессорные платы в common hardware (GD, GA, CS) - выключаем тумблер питания, после того как все светодиоды перестали мигать (один горящий красный) - плату можно вынимать.